Większość przedsiębiorców prowadzących księgowość w formie KPiR, korzysta z programów finansowo-księgowych. Prowadząc w ten sposób księgowość obowiązują nie tylko zasady typowe dla prowadzenia księgowości w ten sposób, ale należy również spełnić wymogi związane z prowadzeniem księgowości za pomocą komputera.
Prowadząc KPiR elektronicznie należy:
- posiadać pisemną instrukcję obsługi programu,
- zapewnić bezzwłoczny wgląd w treść dokonywanych zapisów oraz wydrukowanie wszystkich danych w porządku chronologicznym, zgodnie ze wzorem księgi,
- zapisywać dane na magnetycznych nośnikach informacji, do czasu wydruku w sposób, który będzie chronić przed zatarciem lub zniekształceniem tych danych albo naruszenia ustalonych zasad ich przetwarzania.