Jednolity Plik Kontrolny został podzielony na siedem struktur logicznych w postaci elektronicznych ksiąg podatkowych oraz dowodów księgowych.
Struktury te to:
1. Księgi rachunkowe - JPK_KR
2. Wyciąg bankowy - JPK_WB
3. Magazyn - JPK_MAG
4. Ewidencja zakupu i sprzedaży VAT - JPK_VAT
5. Faktura VAT - JPK_FA
6. Podatkowa księga przychodów i rozchodów - JPK_PKPIR
7. Ewidencja przychodów - JPK_EWP
Każda z tych struktur została następnie podzielona na trzy sekcje:
- sekcja nagłówkowa - informacje identyfikujące dany podmiot m. in. data utworzenia, zakres informacji, cel założenia itd.
- sekcja merytoryczna - informacje odnośnie zaistniałych zdarzeń gospodarczych.
- sekcja kontrolna - sumy kontrolne sprawdzające czy informacje zostały prawidłowo odczytane.
